孵化器對比眾創空間、加速器等概念具有顯著差異。在初創企業服務市場及創業圈中，孵化器與眾創空間、加速器等概念經常被同時提起。從定位及服務形式來看，三者都聚焦于為初創團隊及創業個人提供包括辦公場地、社交空間、外包服務及資源共享等多維度的周邊服務，助力初創公司快速成長。但三者無論從軟硬件條件、服務對象及服務門檻上來看都存在明顯區別：孵化器更多定位于服務新創辦的科技型中小企業，基于此類企業的發展特點為其提供較為規整優質的辦公環境，并配套政府及運營母公司豐富優質的產業資源與資金支持，入孵篩選規則相對嚴格；加速器是在孵化器孵化基礎上，對具備一定發展基礎的初創企業進行技術與商業模式的快速升級迭代，加速其成長過程并與資本緊密對接；眾創空間組織相對靈活，面向所有創新創業群體開放，與傳統意義的孵化器相比門檻更低。
商業化途徑存在困境，產業型孵化器接替產業革新重擔。通過對比孵化器屬性和核心服務模式，可將中國整體孵化器行業分為五類，它們分別為產業型孵化器、創投型孵化器、空間/物業型孵化器、媒體型孵化器和地產型孵化器，此外由于孵化器行業仍處于初期探索階段，整體服務模式與盈利模式并不完全成熟，也存在例如產業+地產、創投+空間等復合型孵化器類型。
雖已歷經四次迭代，但行業仍處于較為初期的發展階段。中國孵化器行業發展起步較早，最初主要以提供基礎的空間租賃作為核心服務，多依存于高校和研究院所發展。而在近十年期間由于國家雙創政策和資本的雙重推動，行業先后經歷了政策賦能階段和資本賦能階段。在政策賦能階段孵化器服務在空間租賃基礎上，除提供政策申報外，延伸出提供代記賬、人才招聘等多樣化服務。而后行業進入資本賦能階段，在此期間由于資本的大量涌入，針對企業資金需求直接入股投資或其他資本對接的孵化模式逐漸成熟。現階段以企業為主導的產業創新型孵化器，通過企業自身豐富的產業資源賦能入孵企業發展成為行業發展核心探索模式。
